Ένας από τους σημαντικότερους υδροβιότοπους της Λέσβου βρίσκεται στο νοτιοδυτικό τμήμα του νησιού, στον Κόλπο της Καλλονής. Ο υγρότοπος εκτός από φυσική ομορφιά αντάξια του ονόματός του έχει και τεράστια οικολογική σημασία. Στην ευρύτερη περιοχή του κόλπου η οποία παρουσιάζει μεγάλη ποικιλία υγρότοπων (η συνολική του έκταση ξεπερνά τα 110 τ. χμ.), βρίσκουν καταφύγιο πολλά σπάνια είδη θαλάσσιων και χερσαίων οργανισμών.
Ο υδροβιότοπος του κόλπου της Καλλονής περιλαμβάνει τι θαλάσσιο τμήμα του κόλπου, την ευρύτερη χερσαία περιοχή, τις αλυκές της Καλλονής και του Πολιχνίτου, τη λιμνοθάλασσα των Μέσσων, τους χείμαρρους του Τσικνιά, του Βούβαρη και του Αλμυροπόταμου και τα έλη της Σκάλας Καλλονής, της Νυφίδας και των Παρακοίλων.
Στον υδροβιότοπο του Κόλπου της Καλλονής, συναντώνται αρκετά είδη που απειλούνται με εξαφάνιση. Όπως η θαλάσσια χελώνα Caretta – caretta και η μεσογειακή φώκια Monachus – monachus. Επίσης, μπορείτε να συναντήσετε και πολλά σπάνια υδρόβια πουλιά, τα οποία ζούνε στην περιοχή είτε όλο το χρόνο είτε κατά περιόδους.