Η Μύκονος εκτός από το κοσμικό της χαρακτήρα έχει να επιδείξει και μια λαμπρή ιστορική πορεία.
Σύμφωνα με την ελληνική μυθολογία το όνομά της το χρωστά στον ήρωα Μύκονο. Αυτός ήταν γιος του Απόλλωνα και της Νύμφης Ροιούς.
Υπάρχει όμως κι άλλος μύθος σύμφωνα με τον οποίο στο Αιγαιοπελαγίτικο νησί τάφηκαν οι γίγαντες που σκότωσε ο Ηρακλής. Έτσι εξηγείται γιατί το έδαφος της Μυκόνου είναι σπαρμένο με μεγάλους βράχους.

Η Μύκονος, όπως φαίνεται από τα αρχαιολογικά ευρήματα, πρωτοκατοικήθηκε τους προϊστορικούς χρόνους από τους Κάρες. Αργότερα ήρθαν στο νησί οι Φοίνικες, οι Κρήτες και οι Ίωνες.
Μετά το τέλος των περσικών πολέμων η Μύκονος έγινε μέλος της Δηλιακής (Αθηναϊκής) Συμμαχίας, όπως και όλα τα Κυκλαδονήσια.
Η Αθηναϊκή κυριαρχία διήρκεσε από το 478 π.Χ. ως το 393 π.Χ.

Την περίοδο της Ρωμαϊκής κυριαρχίας, η Δήλος έτυχε ιδιαιτέρων προνομίων. Συγκεκριμένα από το 166 π.Χ. είχε ανακηρυχθεί ελεύθερο λιμάνι. Έτσι άρχισε και για τη Μύκονο μια περίοδος οικονομικής ακμής που κράτησε ως το 88 π.Χ. Τότε ο Μιθριδάτης κατέστρεψε την Δήλο.

Στα χρόνια του Βυζαντίου, η Μύκονος αποτέλεσε τμήμα της επαρχίας της Αχαΐας. Αργότερα, όταν προέκυψε το θέμα της κατάργησης των επαρχιών της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας και της διαίρεσής τους, η διοίκηση της Μυκόνου πέρασε πλέον στο θέμα των νήσων.

Το 1207 οι Κυκλάδες περνούν στην κυριαρχία των Ενετών. Η διοίκηση της Μυκόνου δόθηκε στους αδερφούς Γκύζη.
Το νησί παρέμεινε υπό την κυριαρχία των Ενετών μέχρι το 1537, όπου την κατέλαβε ο Μπαρμπαρόσας.
Το 1615 ιδρύθηκε το Κοινό των Μυκονίων, ένα καθεστώς αυτοδιοικήσεως που παραχώρησαν οι Τούρκοι στους Μυκονιάτες. Από τότε το νησί διοικούνταν από επιτρόπους που εκλέγονταν κάθε χρόνο από τους κατοίκους.

Όταν ξέσπασε η Ελληνική επανάσταση, η Μύκονος ήταν μια ισχυρή ναυτική δύναμη, καθώς ο στόλος της αποτελούνταν από ένα σημαντικό αριθμό πλοίων, τα οποία τα πρόσφερε στον αγώνα.
Τον Οκτώβριο του 1822 οι Τούρκοι επιχείρησαν να αποβιβαστούν στο νησί, αλλά οι Μυκονιάτες με επικεφαλής την Μαντώ Μαυρογένους, τους απέκρουσαν.
Το 1830 η Μύκονος, όπως και όλα τα νησιά των Κυκλάδων, με την Συνθήκη του Λονδίνου περιήλθαν στο ελεύθερο Ελληνικό κράτος.
Από τότε ακολουθεί κοινή ιστορική πορεία με την υπόλοιπη Ελλάδα.

Η Μύκονος έχει χαρακτηριστεί ως το κοσμικότερο νησί των Κυκλάδων και της Ελλάδας γενικότερα. Είναι από τα πρώτα νησιά που αξιοποιήθηκαν τουριστικά. Συγκεκριμένα η Μύκονος ΄΄ανακαλύφθηκε΄΄ τουριστικά από τις αρχές της δεκαετίας του 1960 και καθιερώθηκε ως το αγαπημένο νησί των διασημοτήτων. Σήμερα αποτελεί τον δημοφιλέστερο προορισμό διακοπών σε παγκόσμιο επίπεδο.