Η Ίος κατοικείται από τα προϊστορικά χρόνια. Λόγο της γεωγραφικής τα θέσης, είναι ένα από τα νοτιότερα νησιά των Κυκλάδων και βρίσκεται σε στρατηγικό σημείο στο θαλάσσιο δρόμο προς τη Κρήτη και τη νότια Ασία, έπαιξε καθοριστικό ρόλο στην εξέλιξη του Κυκλαδικού πολιτισμού.
Τα αρχαιολογικά ευρήματα στο λόφο του Σκάρκου φανερώνουν την ύπαρξη πρωτοκυκλαδικού οικισμού στην Ίο.
Η ζωή στο νησί συνεχίστηκε καθ’ όλες τις ιστορικές περιόδους και ακολούθησε τη εξέλιξη και δεινά των υπόλοιπων νησιών των Κυκλάδων.
Στο τέλος της 2ης χιλιετίας π.Χ. οι Ίωνες εξαπλώθηκαν στη δυτική ακτή της Μικρασίας και κατέλαβαν τα νησιά του Αιγαίου. Έτσι, και η Ίος κατοικήθηκε από Ίωνες αποίκους, από τους οποίους – σύμφωνα με μια εκδοχή – πήρα και το όνομά της.
Κατά την κλασική περίοδο η Ίος για να προστατευθεί από τους Πέρσες, συμμάχησε με την Αθήνα.
Μετά τη μάχη της Χαιρώνειας, το 338 π.Χ. η Ίος υποτάσσεται στους Μακεδόνες. Το 315 π.Χ. αποκτά την ελευθερία της και γίνεται ισότιμο μέλος στο «Κοινό των Νησιωτών». Την εποχή αυτή το νησί γνωρίζει μεγάλη άνθιση. Έχει εμπορικές συναλλαγές με τα νησιά των Κυκλάδων και τη Ρόδο, ενώ κόβει και δικό της νόμισμα.
Τη Ρωμαϊκή εποχή, το νησί μετατρέπεται σε τόπο εξορίας.
Τη Βυζαντινή περίοδο υπάγεται στην «Επαρχεία των Νήσων».
Το 1207 περνάει στην κυριαρχία των Ενετών, όπως και όλα τα νησιά των Κυκλάδων και περιλαμβάνεται στο δουκάτο της Νάξου που ίδρυσε ο Μάρκος Σανούδος.
Οι Δούκες της Νάξου, κυριαρχούσαν στο νησί, ως το 1371 όπου ο Φραγκίσκος Κρίσπος δολοφόνησε τον Δούκα Νικόλαο. Η δυναστεία των Κρισπών που δημιουργήθηκε είχε τον απόλυτο έλεγχο της Ίου μέχρι και το 1517.
Το 1566, η Ίος έχει πλέον καταληφθεί από τους Τούρκους, οι οποίοι μετονόμασαν το νησί σε Αϊνέ.
Στην Επανάσταση του 1821, η Ίος είχε ενεργό συμμετοχή σε όλους τους αγώνες. Ενσωματώθηκε με το νεοσύστατο Ελληνικό κράτος, το 1829, με τη Συνθήκη του Λονδίνου.