Η Φολέγανδρος είναι ένα μικρό νησί με μεγάλη όμως ιστορία. Τα πρώτα ίχνη κατοίκησης που έχουν βρεθεί στο νησί τοποθετούνται στην προϊστορική εποχή. Αυτό βεβαιώνουν και τα λείψανα του προϊστορικού οικισμού που έχουν ανασκαφεί στο βόρειο άκρο του νησιού. Σαν πρώτοι κάτοικοι του νησιού αναφέρονται οι Κάρες και αργότερα οι Φοίνικες. Ακολούθησαν οι Κρήτες άποικοι, που έφτασαν στο νησί με αρχηγό τους το γιο του Μίνωα, Φολέγανδρο. Αυτός έδωσε και στο νησί το όνομά του.
Οι επόμενοι επιδρομείς – κάτοικοι του νησιού ήταν οι Δωριείς. Κατά τον 5ο π.Χ. αιώνα η Φολέγανδρος περνάει στην κυριαρχία των Αθηναίων.
Τη ρωμαϊκή εποχή χρησιμοποιείται ως τόπος εξορίας.
Την περίοδο της ενετοκρατίας η Φολέγανδρος υπάγεται στο Δουκάτο της Νάξου και διοικείται από τον Μάρκο Σανούδο. Τότε κτίζεται και το κάστρο του νησιού, που ήταν και ο μοναδικός οικισμός, για την προστασία των κατοίκων από τους πειρατές. Το 1617, η Φολέγανδρος καταλαμβάνεται από τους Τούρκους.
Για ένα μικρό χρονικό διάστημα, από το 1770 ως το 1774 γνωρίζει τη Ρώσικη κυριαρχία.
Το 1828 το νησί εντάσσεται στο νεοσύστατο Ελληνικό κράτος.
Τον 19ο αιώνα στο νησί κατέφυγαν πολλοί μετανάστες από την Κωνσταντινούπολη και την Αλεξάνδρεια, που συνέβαλαν στην ανάπτυξη του νησιού.
Τα τελευταία χρόνια οι κάτοικοι προβάλλοντας τις φυσικές ομορφιές της Φολεγάνδρου και τη γραφικότητα των οικισμών της, μετέτρεψαν το νησί τους σε ένα δημοφιλή καλοκαιρινό προορισμό, ιδανικό για όσους αποφεύγουν τα πολυσύχναστα μέρη και αναζητούν την ηρεμία ενός ανεξερεύνητου παραδείσου…