Η Φολέγανδρος απέχει 104 ν.μ. από τον Πειραιά. Τους καλοκαιρινούς μήνες συνδέεται με το κεντρικό λιμάνι της Αθήνας σχεδόν καθημερινά. Συγκεκριμένα η γραμμή των Ανατολικών Κυκλάδων συνδέει τη Φολέγανδρος με τον Πειραιά, την Πάρο, τη Νάξο, την Ίο, τη Σίκινο, τη Σαντορίνη και την Ανάφη. Το ταξίδι διαρκεί περίπου 11 ώρες. Ενώ, μέσο της γραμμής των Δυτικών Κυκλάδων η Φολέγανδρος συνδέεται με τον Πειραιά, τη Κύθνο, τη Σέριφο, τη Σίφνο, την Κίμωλο και τη Μήλο. Το ταξίδι διαρκεί περίπου 9 ώρες.
Επίσης, με τοπικά δρομολόγια συνδέεται με τα νησιά Σύρο, Πάρο, Νάξο και τις Δυτικές Κυκλάδες.
Για περισσότερες πληροφορίες:
ΛΙΜΕΝΑΡΧΕΙΟ ΠΕΙΡΑΙΑ 210 4226000 – 4
ΛΙΜΕΝΑΡΧΕΙΟ ΦΟΛΕΓΑΝΔΡΟΥ 22860-41530

Στην Φολέγανδρο λειτουργεί ελικοδρόμιο που διαθέτει και συστήματα νυχτερινής προσγείωσης.