O ναός της Παναγίας Εκατονταπυλιανής είναι το σημαντικότερο θρησκευτικό μνημείο του νησιού και ένα από τα σπουδαιότερα παλαιοχριστιανικά μνημεία της Ελλάδας. Ιδρύθηκε στις αρχές του 4ου αιώνα μ.Χ.
Σύμφωνα με την παράδοση, κατά τη διάρκεια του ταξιδιού της Αγίας Ελένης προς τους Άγιους τόπους, το καράβι της έπεσε σε θαλασσοταραχή και σταμάτησε στην Πάρο. Εκεί, η Ελένη προσευχήθηκε σ’ ένα μικρό ξωκλήσι και έταξε στη Παναγία να κτίσει σ’ αυτό το σημείο μια μεγάλη εκκλησία μόλις εκπληρώσει το σκοπό του ταξιδιού της (να βρει δηλαδή το Τίμιο Σταυρό).
Όσο αφορά την εκπλήρωση του τάματος υπάρχουν δύο εκδοχές. Η μία αναφέρει ότι η ίδια η Ελένη έκτισε την εκκλησία, ενώ η δεύτερη και επικρατέστερη θέλει το γιο της Κωνσταντίνο, τον πρώτο αυτοκράτορα του Βυζαντίου, να ιδρύει την Εκατονταπυλιανή μετά το θάνατο της μητέρας του, ως εκπλήρωση του ιερού της χρέους.
Ο ναός είναι αφιερωμένος στη Κοίμηση της Θεοτόκου. Το αρχικό οικοδόμημα ήταν μια τρίκλιτη βασιλική εκκλησία. Αργότερα, ο αυτοκράτορας Ιουστινιανός (527-565), άλλαξε τη μορφή της και από τότε παραμένει ως έχει.
Η ονομασία Εκατονταπυλιανή με την οποία είναι γνωστή η εκκλησία εμφανίστηκε για πρώτη φορά το 1586 σε έγγραφό του τότε Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως, Θεολήπτου Β΄.
Οι κάτοικοι του νησιού συνέδεαν την Εκατονταπυλιανή με την Αγία Σοφία της Κωνσταντινούπολης, επειδή ήταν τόσο μεγαλοπρεπής ναός, όσο εκείνος της Αγίας Σοφίας με τις 100 πύλες. Βέβαια υπάρχει κι ένα τοπικός θρύλος που λέει ότι η εκκλησία έχει 100 πόρτες.
Η ονομασία Καταπολιανή, που επίσης χρησιμοποιούν πολύ οι ντόπιοι, έχει να κάνει με τη τοποθεσία που είναι κτισμένη, προς τη μεριά της πόλης. Ο όρος αυτός υπάρχει και σε έγγραφο του δούκα του Αρχιπελάγους Ιωάννη, που χρονολογείται από τα μέσα του 16ου αιώνα.

Η ΑΡΧΙΤΕΚΤΟΝΙΚΗ ΤΟΥ ΝΑΟΥ
Ο ιδιαίτερα εντυπωσιακός και επιβλητικός ναός, που είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου, αποτελείται από ένα συγκρότημα οικοδομημάτων. Συγκεκριμένα, εκτός από τον κυρίως ναό, περιλαμβάνει πέντε παρεκκλήσια (του Αγίου Νικολάου, των Αγίων Αναργύρων, του Αγίου Φιλίππου, της Αγίας Θεοδοσίας, του Αγίου Δημητρίου και της Οσίας Θεοκτίστης), τον περίβολο με τα κελιά, την αυλή και το Βαπτιστήριο, το οποίο είναι το αρχαιότερο και το καλύτερα διατηρημένο σε όλη την ορθόδοξη ανατολή. Έχει μαρμάρινη σταυρική κολυμπήθρα κι εκεί βαπτίζονταν οι χριστιανοί σε μεγάλη ηλικία, πριν καθιερωθεί ο νηπιοβαπτισμός.
Η εικόνα της Παναγίας που κρατά στα χέρια της το Θείο Βρέφος, βρίσκεται μέσα στον κυρίως ναό. Είναι επαργυρωμένη, επιχρυσωμένη και διακοσμημένη με πολύτιμους λίθους και μαργαριτάρια. Τα πρόσωπα του Χριστού και της Παναγίας, είναι ζωγραφισμένα.
Γύρω από την εικόνα υπάρχει διακόσμηση με 33 εικονίδια, που και αυτά είναι επάργυρα. Στις τέσσερις γωνίες υπάρχουν οι εικόνες που αναπαριστούν τους Ευαγγελιστές Ματθαίο, Ιωάννη, Μάρκο και Λουκά. Στο κάτω μέρος υπάρχει μικρή εικόνα της Ζωοδόχου Πηγής, η οποία είναι αφιέρωση του ηγεμόνα της Μολδοβλαχίας Νικολάου Μαυρογένη και της οικογένειάς του και φέρει τη χρονολογία 1788.

ΤΟ ΒΥΖΑΝΤΙΝΟ ΜΟΥΣΕΙΟ ΤΟΥ ΝΑΟΥ
Στο ναό λειτουργεί και Βυζαντινό Μουσείο. Εκεί θα δείτε σπάνια εκκλησιαστικά κειμήλια και αξιόλογες βυζαντινές εικόνες. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν οι εικόνες του Αγίου Γεωργίου, που χρονολογείται από τον 15ο αιώνα και του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου, που χρονολογείται από τον 16ο αιώνα. Επίσης, μία ασημένια πόρπη και ένα αργυρό ποτήρι κοινωνίας της Βυζαντινής περιόδου, ανήκουν στα εκθέματα που τραβούν τη προσοχή του επισκέπτη.