Η Σάμος είναι ένα νησί με μακραίωνη ιστορία. Γέννησε μεγάλες προσωπικότητες και κυριάρχησε ως ναυτική και πολιτιστική δύναμη, στο χώρο του Αιγαίου.
Το νησί του Πυθαγόρα, όπως έχει επικρατήσει να λέγεται, αφού ήταν η πατρίδα του μεγάλου φιλόσοφου και μαθηματικού της αρχαιότητας, έχει να παρουσιάσει μια πολυσήμαντη ιστορική διαδρομή, η οποία αποτυπώνεται και στα αξιόλογα αρχαιολογικά μνημεία που υπάρχούν σε όλο το νησί.
Σύμφωνα με τις ιστορικές πηγές η Σάμος κατοικείται από τα προϊστορικά χρόνια. Κατά την αρχαιότητα η Σάμος υπήρξε σπουδαίο πολιτιστικό κέντρο.
Η περίοδος της μεγαλύτερης ακμής της συμπίπτει με την τυραννία του Πολυκράτη. Γύρω στο 550 π.Χ. η Σάμος έγινε κέντρο του Ιωνικού Πολιτισμού. Τότε κτίστηκαν μερικά από τα σπουδαιότερα μνημεία του νησιού, όπως, το Ευπαλίνειο όρυγμα, ένα από τα μεγαλύτερα τεχνητά έργα της αρχαιότητας και ο ναός της Ήρας.
Ο Πολυκράτης είχε δημιουργήσει ένα πανίσχυρο στρατό και η Σάμος τα χρόνια εκείνα ήταν η πρώτη ναυτική δύναμη του Αιγαίου. Σύμφωνα με τον Ηρόδοτο τρεις ήταν οι πόλεις που κυριαρχούσαν την εποχή εκείνη στη θάλασσα, η Κνωσός, η Σάμος και η Αθήνα.
Έτσι ο Πολυκράτης, αν και είχε το τίτλο του τυράννου, είχε μετατρέψει τη Σάμο σε μεγάλη δύναμη της εποχής και ήταν ο πρώτος που προσπάθησε να ενώσει όλους τους Έλληνες κατά των Περσών. Μετά το θάνατό του, το 522 π.Χ. η Σάμος έχασε την παντοδυναμία της. Στα χρόνια του Μεγάλου Αλεξάνδρου, η Σάμος υπέκυψε στην κυριαρχία των Μακεδόνων, αν και διατήρησε αρκετά προνόμια.
Αργότερα στο νησί κυριάρχησαν οι Ρωμαίοι. Την περίοδο της ιστορικής ρήξης του Αντώνιου και του Οκταβιανού, στη Σάμο αγκυροβόλησε ο στόλος της Κλεοπάτρας. Μάλιστα, οι ιστορικές πηγές αναφέρουν ότι το νησί, γύρω στο 40 π.Χ. υπήρξε το ερωτικό καταφύγιο του Αντώνιου και της Κλεοπάτρας.
Τη Βυζαντινή περίοδο η Σάμος, δέχτηκε πολλές πειρατικές επιδρομές και υπέστη μεγάλες καταστροφές.
Την εποχή των Σταυροφοριών περιήλθε στους Ενετούς. Το 1346 το νησί πέρασε στην κυριαρχία των Γενουατών.
Όμως, λόγω της καίριας γεωγραφικής της θέσης η Σάμος βρισκόταν μονίμως στο επίκεντρο των πειρατικών επιδρομών. Έτσι, οι κάτοικοι μην αντέχοντας να ζουν μονίμως με το φόβο των κουρσάρων, άρχισαν να εγκαταλείπουν το νησί.
Το 1475 ένας ισχυρός σεισμός έδωσε το τελειωτικό χτύπημα στο νησί, το οποίο ερημώθηκε.
Πέρασαν περίπου 100 χρόνια ώσπου να ζωντανέψει και πάλι η Σάμος.
Το 1549 ο Τουρκικός στόλος εισέβαλε στη Σάμο. Ο ναύαρχος του στόλου γοητευμένος από την ομορφιά του εξαιρετικού αυτού νησιού, έκανε σκοπό του τον αποικισμό του. Έτσι, παραχώρησε πολλά προνόμια στους νέους κατοίκους, οι οποίοι έπρεπε να είναι Έλληνες και Χριστιανοί Ορθόδοξοι. Τότε επέστρεψαν και πολλοί Σαμιώτες, απόγονοι των οικογενειών που είχαν εγκαταλείψει παλαιότερα το νησί για λόγους επιβίωσης. Έτσι, δημιουργήθηκαν τα πρώτα χωριά.
Το 1821 η Σάμος επαναστάτησε κατά των Τούρκων. Οι λίγοι Τούρκοι που υπήρχαν στο νησί πρόλαβαν και έφυγαν. Αργότερα ο Τούρκικος στόλος προσπάθησε να κατακτήσει εκ νέου τη Σάμο, αλλά δεν το κατόρθωσε.
Το 1827, όταν ιδρύθηκε το Ελληνικό κράτος, η Σάμος δεν συμπεριλήφθηκε σ’ αυτό. Το 1834, οι μεγάλες δυνάμεις της έδωσαν μια μορφή αυτονομίας και την έθεσαν υπό την προστασία τους, με την υποχρέωση όμως να πληρώνει φόρο στην Τουρκία.
Το καθεστώς αυτό κράτησε ως το 1912, όπου ο Θεμιστοκλής Σοφούλης και οι ντόπιοι επαναστάτες κατάφερα να εκδιώξουν οριστικά τους Τούρκους από τη Σάμο. Στις αρχές του 1913, η Σάμος ενσωματώθηκε με την Ελλάδα.