Ένας από τους ιερότερους τόπους της Πάτμου είναι το Σπήλαιο της Αποκάλυψης. Βρίσκεται ανάμεσα στη Σκάλα και στο μεσαιωνικό οικισμό της Χώρας.
Πρόκειται για τη μικρή σπήλια στην οποία έζησε για δύο ολόκληρα χρόνια ο Άγιος Ιωάννης, κατά τα έτη 95 – 97 μ.Χ. όταν εξορίστηκε στο νησί. Μέσα σ’ αυτή τη σπήλια άκουσε τη φωνή του Κυρίου και έγραψε το θεόπνευστο έργο του, την Αποκάλυψη.
Το Σπήλαιο περιβάλλεται από το μοναστικό συγκρότημα του μοναστηρίου της Αποκάλυψης, που κτίστηκε τον 17ο αιώνα και βρίσκεται στο χαμηλότερο επίπεδό του, σε βάθος 4 μ. περίπου.
Κατεβαίνοντας τα σκαλοπάτια που οδηγούν στο Ιερό Σπήλαιο, συναντούμε το παρεκκλήσι της Αγίας Άννας, που είναι κτισμένο ακριβώς μπροστά στην είσοδο του σπηλαίου. Το εκκλησάκι αυτό λέγεται ότι το έκτισε ο Όσιος Χριστόδουλος.
Στο εσωτερικό του Σπηλαίου θα δείτε το Σταυρό που χαράχθηκε, σύμφωνα με την Ιερή Παράδοση, από τον Ιωάννη τον Ευαγγελιστή, την τριπλή σχισμή στο τοίχωμα της σπηλιάς απ’ όπου ακουγόταν η φωνή που είπε στον Ιωάννη να γράψει την Αποκάλυψη, καθώς και το σημείο όπου ο Ιωάννης ξάπλωσε για να κοιμηθεί.
Σύμφωνα με την παράδοση ο Ιωάννης υπαγόρευε την Αποκάλυψη στον μαθητή του τον Πρόχωρο.
Πάνω από το μοναστήρι της Αποκάλυψης θα δείτε το κτιριακό συγκρότημα της Πατμιάδας Σχολής. Ιδρύθηκε το 1713 και αποτέλεσε σπουδαίο πνευματικό και θρησκευτικό κέντρο. Μαθητές της σχολής υπήρξαν πολλοί σπουδαίοι άντρες της νεότερης ιστορίας και οι μεγαλύτερες μορφές της Ορθοδοξίας. Σήμερα λειτουργεί σαν εκκλησιαστική σχολή.