Το Ναυτικό Μουσείο αποτελεί ένα κόσμημα του νησιού. Μέσα στους άριστα διαμορφωμένους χώρους του ο επισκέπτης έχει την ευκαιρία να ταξιδέψει σε περασμένες εποχές. Τότε που τα οινουσσιακά ιστιοφόρα ΄΄όργωναν΄΄ τη μαύρη θάλασσα και τη μεσόγειο και το νησί ευημερούσε οικονομικά χάρη στη ναυτιλία και το εμπόριο.
Το Ναυτικό Μουσείο προσελκύει χιλιάδες επισκέπτες από την Ελλάδα και το εξωτερικό. Τα σπάνια εκθέματά του, οι πολλοί και σημαντικοί πίνακες του σπουδαίου θαλασσογράφου Αριστείδη Γλύκα, αποτυπώνουν όλες τις φάσεις του της εμπορικής ναυτιλίας των Οινουσσών.
Από τα ιστιοφόρα στον ατμό, οι θυσίες στο ναυτικό στίβο, το μεταπολεμικό πέρασμα στα λίμπερτυς που καταξίωσαν τους Αιγνουσιώτες στο διεθνές ναυτιλιακό στερέωμα, μέχρι και τους σημερινούς μεγάλους στόλους. Όλη η ναυτική ιστορία του τόπου παρουσιάζεται στις αίθουσες του μουσείου.
Εκτός των άλλων, στο μουσείο θα δείτε και μια αξιόλογη συλλογή, μοναδική στην Ελλάδα, του αείμνηστου Δημάρχου Αντώνη Σπ. Λαιμού, η οποία αποτελείται από περίτεχνα μοντέλα πλοίων που κατασκεύαζαν οι Γάλλοι αιχμάλωτοι των Ναπολεόντειων πολέμων.