ΙΔΑΙΟΝ ΑΝΤΡΟ
Στο οροπέδιο της Νίδας, βρίσκεται το σπήλαιο του Ιδαίου Άντρο. Πρόκειται για το σπήλαιο στο οποίο, σύμφωνα με την μυθολογία ανατράφηκε ο Δίας.
Ο μύθος αναφέρει ότι εκεί η Ρέα έκρυψε το νεογέννητο Δία για να τον γλιτώσει από τον πατέρα του, τον Κρόνο, ο οποίος καταβρόχθιζε τα αρσενικά παιδιά του, επειδή φοβόταν ότι κάποιο απ΄ αυτά θα του έπαιρνε – όταν μεγάλωνε - την εξουσία. Κάτι που τελικά έγινε. Το Ιδαίον Άντρο αποτελούσε σημαντικό τόπο λατρείας του Δία κατά την αρχαιότητα.
Το σπήλαιο αυτό απέχει 29 χλμ. από τα Ανώγεια και είναι ένα από τα σημαντικότερα αξιοθέατα του νομού.
Η ύπαρξη του σπηλαίου χρονολογείται από τα προϊστορικά χρόνια. Τα ευρήματα των ανασκαφών το επιβεβαιώνουν. Έχουν ανασκαφεί αναθήματα από χαλκό, εργαλεία και χάλκινες ασπίδες του 8ου π.Χ. αιώνα.

ΣΠΗΛΑΙΟ ΜΕΛΙΔΟΝΙΟΥ
Στο χωριό Μελιδόνι, σε απόσταση 30 περίπου χιλιομέτρων από το Ρέθυμνο, βρίσκεται το ομώνυμο σπήλαιο. Το εσωτερικό του σπηλάιου είναι ιδιαίτερα εντυπωσιακό. Οι σταλακτίτες και οι σταλαγμίτες δημιουργούν πανέμορφα σχέδια που μαγνητίζουν τη ματιά. Το μήκος του σπηλαίου φτάνει τα 250 μέτρα.
Στην αρχαιότητα αποτέλεσε τόπο λατρείας, κάτι που αποδεικνύεται από τα ευρήματα που βρέθηκαν.
Όμως αποτέλεσε και τόπο θυσίας για 340 γυναικόπαιδα το 1824. Οι κάτοικοι του Μελιδονίου αντιστέκονταν επί 2 χρόνια στους Τούρκους. Τελικά κατέφυγαν στο σπήλαιο γι να προφυλαχθούν. Όμως οι Τούρκοι έφραξαν την είσοδο του σπηλαίου και οι κάτοικοι πέθαναν από ασφυξία. Στην μεγάλη αίθουσα του σπηλαίου βρίσκεται ο τάφος των ανθρώπων αυτών.

ΣΠΗΛΑΙΟ ΓΕΡΑΝΙΟΥ
Πολύ κοντά στο Ρέθυμνο σε απόσταση μόλις 6 χλμ. από την πόλη βρίσκεται το χωριό Γεράνι. Εκεί συναντάμε το ομώνυμο σπήλαιο. Παρουσιάζει μεγάλο ενδιαφέρον καθώς η ύπαρξή του χρονολογείται από τα προϊστορικά χρόνια. Αποτελείται από 5 αίθουσες, στις οποίες βρέθηκαν σημαντικά ευρήματα, όπως: οστά ανθρώπων και ζώων, πήλινα αγγεία, και εργαλεία. Τα ευρήματα αυτά μπορείτε να τα δείτε στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ρεθύμνου.

ΣΠΗΛΑΙΟ ΣΕΝΤΟΝΙ
Στο χωριό Ζωνιανά, σε απόσταση 46 χλμ. από την πόλη, συναντάμε το σπήλαιο Σεντόνι. Πρόκειται για ένα επιβλητικό σπήλαιο που το μήκος του φτάνει τα 150 μέτρα. Ο πλούσιος εσωτερικός του διάκοσμος από σταλακτίτες και σταλαγμίτες, συνθέτει ένα ονειρεμένο σκηνικό.

ΦΑΡΑΓΓΙ ΚΟΥΡΤΑΛΙΩΤΗ
Το φαράγγι του Κουρταλιώτη είναι ένα από τα εντυπωσιακότερα φυσικά αξιοθέατα του Ρεθύμνου. Ξεκινάει από το χωριό Κοξαρέ, που βρίσκεται στα νότια του νομού και σεαπόσταση 22 χλμ. από την πρωτεύουσα. Οι τεράστιες βραχώδης πλαγιές του φαραγγιού είναι γεμάτες ανοίγματα και σπηλιές. Πρόκειται για ένα επιβλητικό θέαμα που κόβει την ανάσα. Την άγρια αυτή ομορφιά έρχεται να γλυκάνει ο Κουρταλιώτης ποταμός που διασχίζει μέρος του φαραγγιού και εκβάλει στη Λίμνη Πρέβελη. Τοπία απείρου κάλλους που προκαλούν θαυμασμό για τον τελειότερο δημιουργό. Τη φύση.