Ο νομός Ρεθύμνου έχει τη δική του ιδιαίτερη ιστορία. Τα ερείπια των αρχαίων πόλεων και τα ιστορικά μνημεία που συναντάει κανείς κατά την περιήγησή του αποκαλύπτουν σημαντικά στοιχεία για τους πολιτισμούς που άκμασαν στην περιοχή. Το Ρέθυμνο πρωτοκατοικήθηκε κατά τη νεολιθική περίοδο, όπως φαίνεται και από τα ευρήματα των αρχαιολογικών ανασκαφών στα σπήλαια του Ιδαίου Άντρου στον Ψηλορείτη και του Γερανίου που βρίσκεται στα δυτικά της πόλης.

ΜΙΝΩΙΚΟΣ ΠΟΛΙΤΙΣΜΟΣ
Τα αρχαιολογικά ευρήματα που προέρχονται διαφορετικές φάσεις της μινωικής εποχής, βεβαιώνουν ότι η περιοχή κατοικούνταν καθ’ όλες τις ιστορικές περιόδους. Ο Μινωικός πολιτισμός που άκμασε και στην ευρύτερη περιοχή του Ρεθύμνου, έχει αφήσει σημαντικά μνημεία. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν η ανακτορική εγκατάσταση Μοναστηρακίου Αμαρίου, ο οικισμός στους Πέρα Γαληνούς Μυλοποτάμου και ο οικισμός Σταυρωμένου Ρεθύμνου.
Επίσης, μεγάλο ιστορικό ενδιαφέρον παρουσιάζουν οι παραστάσεις στα σπήλαια Μελιδονίου και Πατσού που χρονολογούνται από τα Μεσομινωικά χρόνια (2000-1600 π.Χ.).
Η αρχαία Ρίθυμνα ήταν μια σημαντική πόλη της αρχαιότητας που άκμασε τον 3ο και 4ο αιώνα π.Χ. Οι ανασκαφές έχουν φέρει στο φως σημαντικά ευρήματα όπως νομίσματα και επιγραφές. Αλλά και οι άλλες πόλεις του νομού, η Ελεύθερνα, η Αξός, η Λάππα και η Σίβρυτος), σύμφωνα με τις ιστορικές πήγες κατοικούνταν συνεχώς από τα κλασικά χρόνια.

ΒΥΖΑΝΤΙΟ
Την Α’ Βυζαντινή περίοδο το Ρέθυμνο όπως και ολόκληρη η Κρήτη περιήλθε στο Ανατολικό ρωμαϊκό κράτος και αποτέλεσε ξεχωριστή επαρχία.
Από το 824 μ.Χ. έως το 961 μ.Χ. επικρατεί σε όλο το νησί η Αραβοκρατία.
Η απελευθέρωση της Κρήτης από το Νικηφόρο Φωκά το 961, σηματοδοτεί την επανένταξή της, στην Βυζαντινή Αυτοκρατορία, η οποία διήρκεσε μέχρι και την κατάκτηση του νησιού από τους Ενετούς, το 1204.

ΕΝΕΤΟΚΡΑΤΙΑ
Το 1204 το Ρέθυμνο και γενικά όλη η Κρήτη πέρασε στην κυριαρχία των Ενετών. Οι Κρητικοί αντέδρασαν στους κατακτητές. Από το 1211 ως το 1367 οι επαναστατικοί αγώνες αιματοκύλησαν το νησί. Οι Βενετοί διαίρεσαν την Κρήτη σε έξι τμήματα για να την ελέγχουν καλύτερα.
Στο Ρέθυμνο τα μνημεία της Ενετοκρατίας, έχουν χαρίσει στη πόλη μια εικόνα μοναδική.

ΤΟΥΡΚΟΚΡΑΤΙΑ
Η Τούρκικη κατοχή στο Ρέθυμνο διήρκεσε από το 1669 έως το 1898. Οι Τούρκοι που εγκαταστάθηκαν στα βενετσιάνικα αρχοντικά, προσέθεσαν τα δικά τους αρχιτεκτονικά στοιχεία αλλάζοντας την όψη πολλών οικοδομημάτων. Πολλές εκκλησίες καταστράφηκαν και άλλες μετατράπηκαν σε τζαμιά.
Μετά την επανάσταση του 1821 η Κρήτη δεν κατάφερε να κερδίσει την ελευθερία της. Παραχωρήθηκε στον Αιγύπτιο Αντιβασιλιά Μεχμέτ Αλή, στην κατοχή του οποίου παρέμεινε ως το 1841.

ΝΕΟΤΕΡΑ ΧΡΟΝΙΑ
Η Κρητική Επανάσταση ξεκίνησε το 1866 και κράτησε το 1869. Το Ολοκαύτωμα του Αρκαδιού συγκλόνισε το πανελλήνιο.
Μετά από πολλούς αγώνες η Κρήτη απέκτησε την αυτονομία της, το 1897. Η περίοδος αυτή ήταν δημιουργική για το Ρέθυμνο. Τότε έγιναν έργα υποδομής στην πόλη, ενώ σημειώθηκε και πνευματική δράση.
Το 1913, η Κρήτη ενσωματώθηκε με την υπόλοιπη Ελλάδα.
Στην διάρκεια του Β’ Παγκόσμιου Πολέμου το Ρέθυμνο γνώρισε πολλές καταστροφές. Ακολούθησε μια περίοδος φτώχιας η οποία διήρκεσε μέχρι τη δεκαετία του 1960. Από το τότε μέχρι σήμερα το Ρέθυμνο βρίσκεται σε πορεία ανάπτυξης. Σε αυτό βοήθησε και η τουριστική προβολή του νησιού και ιδιαιτέρως του νομού Ρεθύμνου. Οι φυσικές καλλονές του τόπου, η ιστορία του και η επιλογές που προσφέρει στους επισκέπτες του, το καθιστούν αγαπημένο προορισμό διακοπών.