Στην Αλόννησος και στα γύρω από αυτή ακατοίκητα νησάκια και βραχονησίδες βρίσκει καταφύγιο η απειλούμενη με εξαφάνιση φώκια Monachus – Monachus καθώς και πολλά άλλα σπάνια είδη χλωρίδας και πανίδας.
Η περιοχή που συνθέτει το νησιωτικό αυτό σύμπλεγμα εκτός του ότι ξεχωρίζει για τη μοναδική της ομορφιά, έχει και τεράστια οικολογική, γεωλογική, βιολογική και επιστημονική αξία. Δεν είναι τυχαίο ότι έχει χαρακτηριστεί από το 1992, ως Εθνικό Θαλάσσιο Πάρκο Αλοννήσου και Βορείων Σποράδων (ΕΘΠΑΒΣ). Είναι το πρώτο στο είδος του που δημιουργήθηκε στην Ελλάδα και το μεγαλύτερο σε έκταση σε Ευρωπαϊκό επίπεδο.
Η ίδρυσή του αποτέλεσε ένα σημαντικό βήμα για τη διάσωση και την προστασία του πληθυσμού της μεσογειακής φώκιας.
Το Θαλάσσιο πάρκο περιλαμβάνει μια εκτεταμένη θαλάσσια περιοχή 2200 τ. χλμ. και προστατεύεται από ειδική νομοθεσία. Στην περιοχή έχουν χαρτογραφηθεί περισσότερες από 36 σπηλιές – καταφύγια της φώκιας Monachus – Monachus, οι οποίες βρίσκονται στην Αλόννησο και στα υπόλοιπα νησάκια.
Στο Θαλάσσιο πάρκο μπορεί να περιηγηθεί κάθε επισκέπτης που επιθυμεί να γνωρίσει από κοντά το μοναδικό αυτό οικοσύστημα, ακολουθώντας πάντα τους κανόνες που έχουν οριστεί. Εξάλλου η περιοχή εποπτεύετε από τα ταχύπλοα σκάφη του λιμενικού.
Η ζώνη αυστηρής προστασίας περιλαμβάνει τα νησιά Πιπέρι, το οποίο αποτελεί και τον πυρήνα του ΕΘΠΑΒΣ και απαγορεύεται η προσέγγισή του σε απόσταση 3 ν.μ., Γιούρα, Κυρά – Παναγιά, Σκαντζούρα και Ψαθούρα.