Κύριο χαρακτηριστικό της Αλοννήσου είναι ότι η βορειοανατολική πλευρά της περιβάλλεται από μικρά νησάκια άλλα βραχώδη κι άλλα με πυκνή βλάστηση. Στις θαλάσσιες Σπηλιές τους βρίσκουν καταφύγιο οι μεσογειακές φώκιες και άλλα σπάνια είδη ζώων και πουλιών. Τα περισσότερα από αυτά τα νησιά μπορείτε να τα επισκεφθείτε και καΐκι. Κατά τη διάρκεια αυτή της βαρκάδας θα έχετε την ευκαιρία να δείτε τις φώκιες να λιάζονται ξαπλωμένες στα βράχια ή να κολυμπούν αμέριμνες και να χαίρονται τη ασφάλεια που τους παρέχει το καταφύγιό τους.
Ας γνωρίσουμε τα μικρά ακατοίκητα και πανέμορφα νησιά:

ΓΙΟΥΡΑ: Βρίσκεται στα βορειοανατολικά της Αλοννήσου και ανάμεσα στο νησί της Κυρά – Παναγιάς και της Ψαθούρας. Είναι ένα ορεινό και δύσβατο νησάκι, το οποίο είναι γνωστό για την περίφημη σπηλιά του Κύκλωπα που βρίσκεται στην δυτική πλευρά του. Πρόκειται για ένα σπήλαιο με πλούσιο σταλακτιτικό και σταλαγμιτικό διάκοσμο, που για να την επισκεφθείτε είναι απαραίτητη η συνοδεία οδηγού.
Στο νησί ζει κι ένα σπάνιο είδος αίγαγρου που μοιάζει με το φημισμένο Κρι – Κρι της Κρήτης.

ΚΥΡΑ – ΠΑΝΑΓΙΑ (ΠΕΛΑΓΟΝΗΣΙ): Είναι το μεγαλύτερο από τα νησάκια που περιβάλλουν την Αλόννησο και το μοναδικό που κατοικείται. Ο λιγοστοί κάτοικοι του νησιού ασχολούνται με την κτηνοτροφία.
Σύμφωνα με μια εκδοχή πάνω σ’ αυτό το νησί ήταν κτισμένη η αρχαία Αλόννησος. Στα ανατολικά του νησιού δεσπόζει η μονή της Παναγιάς που κτίστηκε τον 16ο αιώνα.
Θα κολυμπήσετε στις υπέροχες παραλίες του Αγίου Πέτρου και του Πλανήτη, που σχηματίζουν οι δυο ομώνυμοι όρμοι του νησιού.

ΨΑΘΟΥΡΑ: Είναι το βορειότερο νησάκι της Αλοννήσου. Είναι τόσο επίπεδο που από μακριά δύσκολα το ξεχωρίζει κανείς από την επιφάνεια της θάλασσας. Ίσως γι’ αυτό επέλεξαν να εγκαταστήσουν εδώ το φάρο του νησιού. Για να δείχνει το δρόμο στα καράβια και να κάνει αισθητή την παρουσία του στο Αιγαίο. Στη νότια πλευρά του συναντάμε άλλο ένα λιλιπούτειο νησάκι, τη Ψαθουροπούλα. Στο θαλάσσιο χώρο ανάμεσα στα δυο αυτά νησιά έχουν εντοπιστεί τα ερείπια μιας αρχαίας πόλης, που εικάζεται ότι είναι η αρχαία Αλόννησος.

ΣΚΑΝΤΖΟΥΡΑ: Το νησί αυτό βρίσκεται στα νοτιοανατολικά της Αλοννήσου και είναι ιδιαίτερα δημοφιλές στους ψαράδες και τους ψαροντουφεκάδες. Περιβάλλεται από πανέμορφες αμμουδιές, στις οποίες θα χαρείτε το μπάνιο σας και θα περάσετε στιγμές ξεγνοιασιάς μακριά από τη βαβούρα των πολυσύχναστων πλαζ.

ΠΕΡΙΣΤΕΡΑ: Είναι το δεύτερο σε μέγεθος νησί, μετά την Κυρά – Παναγιά και το κοντινότερο στην Αλόννησο. Έχει δυο φυσικά λιμάνια, το Περιστέρι και το Βασιλικό, στα οποία αράζουν τα εκδρομικά καράβια. Θα κολυμπήσετε στις ονειρεμένες παραλίες του νησιού, που φημίζονται για το φυσικό τους κάλλος και την καθαρότητα των νερών τους.

ΠΙΠΕΡΙ: Είναι το πιο απομακρυσμένο νησί από την Αλόννησο. Ένας μικρός καταπράσινος παράδεισος στη μέση του Αιγαίου, στον οποίο βρήκαν καταφύγιο οι φώκιες monachus – monachus.
Εδώ εδρεύει το Εθνικό Θαλάσσιο Πάρκο Αλοννήσου και Βορείων Σποράδων. Η προσέγγιση ιδιωτικών σκαφών απαγορεύεται σε απόσταση 3 ν. μ. από το νησί, για λόγους ασφαλείας και προστασίας της μεσογειακής φώκια που αποτελεί προστατευόμενο είδος.
Στο Πιπέρι ζει κι ένα σπάνιο είδος μικρόσωμης αγελάδας.