Η Σκόπελος κατοικείται από τα προϊστορικά χρόνια. Το νησί που κατά την αρχαιότητα ήταν γνωστό με το όνομα Πεπάρηθος, είχε αναπτύξει – όπως φαίνεται από τα αρχαιολογικά – ευρήματα έναν αξιόλογο πολιτισμό.

Στο νησί εκτός από τη Πεπάρηθο, άκμασαν άλλες δύο πόλεις. Η Σελινούς, που ήταν κτισμένη στην περιοχή που σήμερα βρίσκεται το Λουτράκι της Γλώσσας και ο Πάνορμος, που τα ερείπιά του διακρίνονται κοντά στον ομώνυμο όρμο, στη νότια πλευρά του νησιού.
Ο Πάνορμος καταλήφθηκε το 361 π.Χ. από τον τύραννο των Φερών, Αλέξανδρο και κατόπιν πολιορκήθηκε από τους Αθηναίους.

Ο πρώτος κάτοικος του νησιού ήταν ο Στάφυλος, γιος του Διονύσου και της Αριάδνης. Το όνομά του φέρει ένας όρμος στα νότια του νησιού. Στην περιοχή αυτή, στον όρμου του Στάφυλου, οι ανασκαφές έφεραν στο φως τα λείψανα ενός αρχαίου οικοδομήματος που εικάζεται ότι ανήκουν στο παλάτι του θρυλικού Στάφυλου, του πρώτου οικιστή και βασιλιά του νησιού, ο οποίος σύμφωνα με τη παράδοση διατηρούσε σχέσεις με τη μινωική Κρήτη. Αυτό φαίνεται και από τα πλούσια κτερίσματα που ανακαλύφθηκαν στο βασιλικό τάφο που βρέθηκε στη περιοχή. Τα ευρήματα του τάφου αυτού που αποδίδεται στο βασιλιά Στάφυλο, χρονολογούνται από τον 16ο π.Χ. αιώνα και φαίνεται πως ήταν μινωικά. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν: χρυσά κοσμήματα, αγγεία, όπλα κι ένα βασιλικό ξίφος με χρυσή διακόσμηση που λέγεται ότι ανήκε στον Στάφυλο.

Το όνομα Σκόπελος το πήρε το νησί την Ελληνιστική περίοδο.

Την ρωμαϊκή περίοδο στη Σκόπελο μαρτύρησε ο επίσκοπος Άγιος Ρηγίνος, ο οποίος ήταν ο πρώτος επίσκοπος του νησιού.

Στα χρόνια του Βυζαντίου αποτέλεσε τόπο εξορίας.

Το 1204 πέρασε στα χέρια των Ενετών. Η κυριαρχία τους όμως δεν κράτησε πολύ. Λίγο καιρό αργότερο ο βυζαντινός Αυτοκράτορας Μιχαήλ Η’ Παλαιολόγος κατάφερε να κατακτήσει και πάλι το νησί.

Το 1453, η Σκόπελος περνά γι’ άλλη μια φορά στην κυριαρχία των Ενετών.
Το 1538, οι Τούρκοι καταλαμβάνουν το νησί, το λεηλατούν και σφάζουν όλους τους κατοίκους.

Κατά τον 17ο αιώνα το νησί ερημώθηκε για πολλές δεκαετίες. Στα τέλη του 17ου και στις αρχές του 18ου αιώνα η ζωή ξαναγύρισε στη Σκόπελο. Το 1821 υπήρξε επαναστατικό κέντρο.

Το 1832 απέκτησε την ελευθερία της, όπως και όλα τα νησιά των Σποράδων, καθώς ενσωματώθηκαν με την Ελλάδα.