Στο Αρχαιολογικό Μουσείο Θεσσαλονίκης παρουσιάζεται συνολικά ο πολιτισμός της Μακεδονίας από τα προϊστορικά χρόνια μέχρι την ύστερη αρχαιότητα.
Το κτίριο του Μουσείου είναι σχεδιασμένο από τον αρχιτέκτονα Πάτροκλο Καραντινό και εγκαινιάστηκε το 1962. Αποτελεί ένα σημαντικό δείγμα του μοντέρνου κινήματος της αρχιτεκτονικής στην Ελλάδα.

Το Μουσείο αναδιοργάνωσε πρόσφατα τις κτιριακές εγκαταστάσεις του καθώς και τη μόνιμη έκθεση των συλλογών του. Έτσι, τα σημαντικά εκθέματα που φιλοξενούνται χωρίζονται σε πέντε χρονολογικές ενότητες, μέσα από τις οποίες ξεδιπλώνεται το μεγαλείο του αρχαίου πολιτισμού της Μακεδονίας.

Η πρώτη ενότητα παρουσιάζει εκθέματα της Προϊστορικής Μακεδονίας. Εκτίθενται εκμαγεία τμημάτων κρανίων του ''μακεδονικού ουρανοπιθήκου'', ενός πρώιμου ανθρωποειδούς καθώς και αντίγραφο του γνωστού κρανίου των Πετραλώνων (200.000 π.Χ.). Επίσης ευρήματα σχετικά με τη γεωργία, την κτηνοτροφία, την αλιεία, το κυνήγι, την κατασκευή εργαλείων, την αποθήκευση αγροτικών προϊόντων, το μαγείρεμα, την υφαντική, την κεραμική και την τεχνολογία του προϊστορικού ανθρώπου.

Η δεύτερη ενότητα ονομάζεται Προς τη γένεση των πόλεων και παρουσιάζει μαρτυρίες για οικισμούς και νεκροταφεία της εποχής του Σιδήρου (1100 - 700 π.Χ) στην περιοχή που εκτείνεται ανάμεσα στον Άθωνα και τον Όλυμπο.

Η τρίτη ενότητα φέρει τον τίτλο ΄΄ Η Μακεδονία από τον 7ο αι. π.Χ. ως την ύστερη αρχαιότητα΄΄ και παρουσιάζει πτυχές της ζωής των Μακεδόνων από τα αρχαϊκά χρόνια, με τη δημιουργία του ανεξάρτητου μακεδονικού βασιλείου, έως και τους αυτοκρατορικούς χρόνους (1ος-4ος αι. μ.Χ.), εποχή κατά την οποία η Μακεδονία αποτελούσε επαρχία της ρωμαϊκής αυτοκρατορίας.
Με οκτώ επιμέρους θεματικά σύνολα καλύπτονται ποικίλες πτυχές της δημόσιας και της ιδιωτικής ζωής στην περιοχή, σχετικές με την πολιτική, στρατιωτική, κοινωνική και οικονομική οργάνωση, τις τέχνες και τα γράμματα, τη θρησκεία, τη λατρεία και τα έθιμα των μακεδονικών πόλεων. Εκτίθεται πλήθος ευρημάτων από τις ανασκαφές στους νομούς Θεσσαλονίκης, Πιερίας, Κιλκίς και Χαλκιδικής.

Στην τέταρτη ενότητα ΄΄Θεσσαλονίκη, Μακεδονίας μητρόπολις΄΄, παρουσιάζονται ιστορικές και αρχαιολογικές πληροφορίες για την πόλη.
Εκτίθενται ευρήματα σε συσχετισμό με τους χώρους και τα μνημεία της πόλης. Στο τέλος της ενότητας ανασυγκροτείται εν μέρει ο αρχαϊκός ιωνικός ναός, άγνωστης αρχικής θέσης, ο οποίος κατά τη ρωμαιοκρατία μεταφέρθηκε στην περιοχή των ιερών της Θεσσαλονίκης και κοσμήθηκε με αγάλματα αυτοκρατόρων.

Η πέμπτη ενότητα παρουσιάζει τον ΄΄χρυσό των Μακεδόνων΄΄. Περιλαμβάνει εκθέματα εξαιρετικής τέχνης που προέρχονται κυρίως από νεκροταφεία των αρχαϊκών και των κλασικών χρόνων. Παράλληλα, περιγράφεται όλη η διαδικασία επεξεργασίας των ευγενών μετάλλων, από το στάδιο της εξόρυξης μέχρι τις περίπλοκες τεχνικές διακόσμησης των πολύτιμων αντικειμένων της δημόσιας και της ιδιωτικής ζωής των αρχαίων Μακεδόνων.