Τα προϊστορικά χρόνια η Αντίπαρος ήταν ενωμένη με την Πάρο.
Σύμφωνα με τις ιστορικές πηγές το νησί κατοικείται από τη νεολιθική εποχή.
Στο πολύ μικρό νησάκι Σάλιαγκος, που βρίσκεται κοντά στο λιμάνι της Αντιπάρου, οι αρχαιολογικές ανασκαφές έφεραν στο φως τα ερείπια ενός νεολιθικού οικισμού, που χρονολογείται από το 4000 π.Χ.
Τα αρχαία χρόνια το νησί ονομαζόταν Ωλίαρος.
Η ιστορική διαδρομή του ταυτίζεται με αυτή της Πάρου.
Το 13ο αιώνα μετονομάστηκε σε Αντίπαρο. Στα χρόνια του Βυζαντίου το νησί βρέθηκε στο στόχαστρο των πειρατών. Δέχτηκε πολλές επιδρομές και λεηλασίες που συνετέλεσαν στην ερήμωσή του.
Όταν οι Κυκλάδες πέρασαν στην κυριαρχία των Ενετών, η Αντίπαρος, όπως και η Πάρος, αποτέλεσε τμήμα του Δουκάτου της Νάξου. Οι Ενετοί έκτισαν το Κάστρο για να προστατεύσουν το νησί από τους πειρατές και τους επίδοξους κατακτητές.
Στα μέσα του 16ου αιώνα το νησί κατέλαβαν οι Τούρκοι.
Για ένα μικρό χρονικό διάστημα πέρασε και στην κυριαρχία των Ρώσων (1770 – 74). Η Αντίπαρος πήρε μέρος στην Επανάσταση του 1821. ενώθηκε με την Ελλάδα, όπως και όλα τα νησιά των Κυκλάδων, το 1830 με τη Συνθήκη του Λονδίνου.