Τα Κουφονήσια σύμφωνα με τα αρχαιολογικά ευρήματα κατοικούνται από την Προϊστορική Εποχή.
Οι ανασκαφές που έγιναν στην περιοχή Επάνω Μύλοι έφεραν στο φως σημαντικά ευρήματα που ανάγονται στις πρώιμες φάσεις του Κυκλαδικού Πολιτισμού. Ένα από τα σημαντικότερα ευρήματα αυτής της περιόδου είναι ένα τηγανόσχημο αγγείο, με χαραγμένο επάνω του ένα εννεάκτινο αστέρι, το οποίο εκτίθενται στο μουσείο της Νάξου.
Επίσης, οι ανασκαφές που έγιναν στην ανατολική ακτή έφεραν στο φως ευρήματα των Ελληνιστικών και Ρωμαϊκών χρόνων.
Στο ρου της ιστορίας τα Κουφονήσια ακολούθησαν την κοινή μοίρα όλων των νησιών των Κυκλάδων. Γνώρισαν την κυριαρχία των Ενετών και των Τούρκων, οι οποίοι κατά τη διάρκεια κυρίως του 17ου αιώνα συγκρούστηκαν αρκετές φορές για την εξουσία των νησιών του Αιγαίου Πελάγους.
Τα Κουφονήσια απελευθερώθηκαν μαζί με τις υπόλοιπες Κυκλάδες και ενσωματώθηκαν με το νεοσύστατο ελληνικό κράτος το 1830.