Το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου βρίσκεται στο κέντρο της Χώρας, στη θέση Τρία Πηγάδια. Στεγάζεται σ’ ένα κτίριο παραδοσιακής κυκλαδίτικης αρχιτεκτονικής του 19ου αιώνα. Σκοπός του μουσείου είναι να συμβάλει στη διατήρηση και προβολή της Ελληνικής ναυτικής ιστορίας και κυρίως στην εξέλιξη του εμπορικού πλοίου στον ιστορικό χώρο του Αιγαίου. Στο μουσείο θα δείτε μια αξιόλογη συλλογή που περιλαμβάνει ομοιώματα πλοίων από τη Μινωική Εποχή μέχρι και τις αρχές του 20ου αιώνα. Επίσης, ναυτικά όργανα, εξαρτήματα και εργαλεία, νομίσματα με ναυτικές παραστάσεις από τον 5ο π.Χ μέχρι τον 5ο μ.Χ αιώνα και παλιούς χάρτες, που φανερώνουν σημαντικές πτυχές της ναυτικής πορείας των Αιγαιοπελαγίτικων νησιών.