Οι Παξοί, αν και μικρό νησί έχουν μεγάλη ιστορία. Σε γενικές γραμμές ακολούθησε κοινή ιστορική πορεία με τη γειτονική Κέρκυρα.
Σύμφωνα με τη μυθολογία το νησί είναι δημιούργημα του Ποσειδώνα, του θεού της θάλασσας. Όπως, λέει η μυθολογική παράδοση, ο Ποσειδώνας χτύπησε την Κέρκυρα με την τρίαινά του, αποκόπτοντας από τον κορμό της το νότιο άκρο της. Έτσι, δημιουργήθηκε ένα μικρό νησί (οι Παξοί) το οποίο αποτέλεσε το ερωτικό του καταφύγιο με την Αμφιτρίτη. Όμως, ο Ποσειδώνας έχασε την Τρίαινά του, την οποία βρήκαν οι Παξινοί και την έκαναν έμβλημά τους.

Όσο για την ετυμολογίας της λέξης, σύμφωνα με τον Στράβωνα προέρχεται από τη φοινικική λέξη «ΠΑΚΣ», που σημαίνει γεωμετρικό «τραπέζιο» δηλαδή νησί με τραπεζοειδές σχήμα.

Οι πρώτοι κάτοικοι του νησιού ήταν Φοίνικες.
Στα κείμενα των αρχαίων συγγραφέων αναφέρεται η συμμετοχή του νησιού στις ναυμαχίες των Κερκυραίων με τους Κορινθίους, το 229 π.Χ.

Το 31 π.Χ. στα ανοιχτά των Παξών κινήθηκαν οι στόλοι του Οκταβιανού και του Αντώνιου, με σύμμαχο την Κλεοπάτρα για να καταλήξουν στη ναυμαχία του Άκτιου. Μάλιστα λέγεται ότι οι Παξοί αποτέλεσαν το ερωτικό καταφύγιο του Αντώνιου και της Κλεοπάτρας.

Στις αρχές του 13ου αιώνα οι Παξοί περιέρχονται στην κυριαρχία των Ανδηγαυών.
Το 1386 το νησί περνά στην κυριαρχία των Ενετών, η οποία διάρκεσε τέσσερις περίπου αιώνες. Την περίοδο αυτή κτίστηκε το κάστρο του Αγίου Νικολάου στο ομώνυμο νησάκι και αναπτύχθηκε στο νησί η καλλιέργεια της ελιάς, που μέχρι σήμερα αποτελεί το βασικό προϊόν και στηρίζει την οικονομία των Παξών.

Το 1537 οι Ενετοί βύθισαν τα τουρκικά πλοία στα ανοιχτά των Παξών. Ο Μπαρμπαρόσα, θέλησε να πάρει εκδίκηση. Αφού πολιόρκησε ανεπιτυχώς την Κέρκυρα, κατευθύνθηκε στους Παξούς και λεηλάτησε το νησί απ’ άκρη σε άκρη.

Το 1797, μετά από 411 χρόνια κατοχής, οι Ενετοί παραδίδουν τη διοίκηση του νησιού στους Δημοκρατικούς Γάλλους.
Το 1814 οι Παξοί παραχωρούνται στους Άγγλους.

Το 1821 οι Παξινοί, έλαβαν μέρος στην Ελληνική Επανάσταση και προσέφεραν τις υπηρεσίες τους στον Εθνικοαπελευθερωτικό αγώνα.
Το 1864 τα Ιόνια νησιά ενώνονται με την Ελλάδα.

Το 1922, πολλοί πρόσφυγες από την Μικρά Ασία κατέφυγαν στους Παξούς.
Στο δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο, το εμπόριο λαδιού έσωσε τους κατοίκους από την πείνα.

Οι Παξοί έχουν αναπτύξει τις τουριστικές υποδομές τους και θεωρούνται ένα από τα κοσμικά νησιά του Ιονίου. Έχουν αποκτήσει παγκόσμια φήμη και κάθε καλοκαίρι προσελκύουν χιλιάδες επισκέπτες που καταφθάνουν στο νησί για να γνωρίσουν για να χαρούν τον ήλιο, τη θάλασσα και την καταπράσινη φύση του.