Το Ιστορικό Αρχείο της Ύδρας ιδρύθηκε το 1918. Στεγάζονταν στο κτίριο που είχε δωρίσει στην τότε κοινότητα της Ύδρας, ο εφοπλιστής και ευεργέτης Γκίκας Ν. Κουλούρας. Από τότε - και για 40 ολόκληρα χρόνια - ο γιατρός και δήμαρχος Αντώνιος Λιγνός ανέλαβε με ιδιαίτερο ζήλο την ταξινόμηση του σπάνιου αρχειακού υλικού της Ύδρας που είχε ο ίδιος ανακαλύψει στις αποθήκες της μονής της κοιμήσεως της Θεοτόκου.
Το 1972 το κτίριο αυτό κατεδαφίστηκε και στη θέση οικοδομήθηκε ένα σύγχρονο οίκημα ικανό να φιλοξενήσει, να προστατεύσει και να αναδείξει το σπάνιο αυτό υλικό της πολιτιστικής κληρονομιάς της Ύδρας.
Σ' αυτό λειτουργεί, Αρχειακό Τμήμα, Μουσειακό Τμήμα και Βιβλιοθήκη.

ΑΡΧΕΙΑΚΟ ΤΜΗΜΑ
Στο Αρχειακό τμήμα φυλάσσεται όλο το πολύτιμο υλικό που σχετίζεται με την τοπική ιστορία, την παράδοση και τον πολιτισμό της Ύδρας. Σκοπός του είναι να εντοπίζει, να συγκεντρώνει και να ταξινομεί κάθε είδους αρχειακό υλικό που φτάνει στο κέντρο ιστορικής τεκμηρίωσης. Οι κύριες πηγές πληροφόρησης και τροφοδότησης του αρχείου με νέο υλικό, είναι όλες οι δημόσιες υπηρεσίες του νησιού, τα αρχεία ιδιωτικών και δημοσίων φορέων κ.α.
Η μεγαλύτερη ενότητα του αρχειακού υλικού αφορά την περίοδο του 18ου και 19ου αιώνα, κατά την οποία η Ύδρα πρωταγωνιστούσε στην ιστορία του Ελλαδικού χώρου. Στον αρχειακό αυτό χώρο υπάρχουν 18.000 περίπου πρωτογενή έγγραφα, χειρόγραφα κώδικες κτλ. που σκιαγραφούν τους προεπαναστατικούς, επαναστατικούς και μετά επαναστατικούς χρόνους της Ελληνικής ιστορίας.
Επίσης, υπάρχουν και ενότητες με αρχεία εκπαιδευτικά, εκκλησιαστικά, διοικητικά κ.α που ξεκινούν από τον 19ο αιώνα και καλύπτουν μέχρι και γεργονότα των ημερών μας.

ΜΟΥΣΕΙΑΚΟ ΤΜΗΜΑ
Ο Μουσειακός χώρος καταλαμβάνει το ισόγειο και τον όροφο του κτιρίου. Στο ισόγειο εκτίθενται σπάνια κειμήλια των Βαλκανικών και του Α’ και Β’ Παγκοσμίου Πολέμου. Επίσης, στο προθάλαμο θα δείτε υδραίικές ενδυμασίες, ακρόπρωρα και ακροστόλια από πλοία του Αγώνα. Ενώ στον όροφο του κτιρίου φιλοξενούνται έργα Ελλήνων και ξένων ζωγράφων, καθώς και μικροκαλλιτεχνήματα του 18ου – 19ου αιώνα, όπως ναυτικοί χάρτες, μινιατούρες πλοίων, κ.α.

ΒΙΒΛΙΟΘΗΚΗ
Η βιβλιοθήκη στεγάζεται στον πρώτο όροφο του κτιρίου. Περιλαμβάνει 4.000 περίπου βιβλία. Ανάμεσά τους υπάρχουν πολλές πρωτότυπες εκδόσεις που χρονολογούνται από τις αρχές του 18ου αιώνα.
Η βιβλιοθήκη εμπλουτίζετια συνεχώς με νέες εκδόσεις κάθε είδους (λογοτεχνικές, ιστορικές, επιστημονικές, κτλ.).