ΑΡΧΑΙΟΛΟΓΙΚΟ ΜΟΥΣΕΙΟ
Το Αρχαιολογικό Μουσείο του Ρεθύμνου ιδρύθηκε το 1887 από το φιλεκπαιδευτικό σύλλογο Ρεθύμνης. Στεγάζεται σ΄ ένα κτίριο που κτίστηκε την εποχή της Τουρκοκρατίας και διακρίνεται για την αρχιτεκτονική του. Είναι ένα πενταγωνικό οχυρό που βρίσκεται μπροστά ακριβώς από την κεντρική πύλη της Φορτέτζας.
Στο μουσείο φιλοξενούνται ευρήματα που έφεραν στο φως οι ανασκαφές σε όλο το νομό και προέρχονται από διάφορες ιστορικές περιόδους. Ξεχωρίζουν: εργαλεία της νεολιθικής εποχής, επιτύμβιες στήλες, αγάλματα, σαρκοφάγοι, κεραμικά αντικείμενα και τα ευρήματα από τους αρχαιολογικούς χώρους της Αρχαίας Ελεύθερνας, της ¶ξου και του Γερανίου.

ΙΣΤΟΡΙΚΟ – ΛΑΟΓΡΑΦΙΚΟ ΜΟΥΣΕΙΟ
Το Ιστορικό Λαογραφικό Μουσείο του Ρεθύμνου ιδρύθηκε το 1973. Στεγάζεται σ΄ ένα βενετσιάνικο οίκημα. Τα εκθέματα του μουσείο αφορούν την ιστορία και την πολιτιστική κληρονομιά του τόπου.
Στις έξι αίθουσες του μουσείου φιλοξενούνται περίπου 5.000 εκθέματα που προήλθαν από δωρεές, αγορές και δανεισμό. Ξεχωρίζουν: η Συλλογή Σπυριδάκη, οι πίνακες της Παγκρήτιας Ιστορικής Πινακοθήκης, τα αντικείμενα καθημερινής χρήσης περασμένων εποχών, τα ανεκτίμητης αξίας χειροποίητα υφαντά, τα χειροποίητα κεραμικά και οι δημιουργίες της παραδοσιακής καλαθοπλεκτικής τέχνης.