Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Θήρας στεγάζεται σ΄ ένα κτίριο που κτίστηκε το 1960, αφού το προηγούμενο καταστράφηκε από το σεισμό του 1956 και βρίσκεται στο κέντρο των Φηρών. Μέσα από τα εκθέματά του αποκαλύπτεται η μακραίωνη ιστορία του νησιού. Οι συλλογές που φιλοξενεί περιλαμβάνουν γλυπτά και επιγραφές από την αρχαϊκή και τη ρωμαϊκή περίοδο καθώς και κεραμικά και πήλινα ειδώλια από τη γεωμετρική μέχρι και την ελληνιστική εποχή. Από τα σημαντικότερα εκθέματα του μουσείου είναι: ο μεγάλος ηφαιστειακός λίθος (τραχείτης) βάρους 480 κιλών. Αυτόν σύμφωνα με την επιγραφή που είναι χαραγμένη πάνω του σήκωσε ο αθλητής Ευμάστας. Επίσης ξεχωρίζει ο Θηραϊκός αμφορέας με γεωμετρική διακόσμηση που ανασκάφηκε στο αρχαϊκό νεκροταφείο της Αρχαίας Θήρας και χρονολογείται από τις αρχές του 7ου αιώνα π.Χ. Πολλά σημαντικά ευρήματα ήρθαν στο φως από τις ανασκαφές στο νεκροταφείο της Αρχαίας Θήρας. Εκτός, από αμφορείς και κεραμικά αντικείμενα, ανασκάφηκαν και αρχαίοι κούροι.