Το μουσείο Προϊστορικής Θήρας βρίσκεται στα Φηρά και θεωρείται ένα από τα σημαντικότερα μουσεία της Ελλάδας καθώς φιλοξενεί τα σημαντικά ευρήματα που ήρθαν στο φως από τις ανασκαφές στο Ακρωτήρι.
Οι αξιόλογες συλλογές είναι χωρισμένες σε τέσσερις θεματικές ενότητες και αναφέρονται: α) στην ιστορία της έρευνας της Προϊστορικής Θήρας, β) στην περίοδο ακμής του Ακρωτηρίου, γ) στην πορεία της νήσου από τη Νεολιθική περίοδο ως την Υστεροκυκλαδική περιόδου και δ) στη γεωλογική ιστορία της Θήρας.
Τις εντυπώσεις κερδίζουν τα πολυάριθμα εκθέματα της περιόδου ακμής της πόλης του Ακρωτηρίου, όπως τα γύψινα εκμαγεία επίπλων, τα χάλκινα σκεύη, τα εργαλεία και τα όπλα, οι σφραγίδες, οι πινακίδες της Γραμμικής Α γραφής και το μοναδικό χρυσό ειδώλιο αιγάγρου.
Αξίζουν τη προσοχή σας τα απολιθώματα των φυτών που ευδοκιμούσαν πριν από την εμφάνιση του ανθρώπου στη Θήρα.
Ξεχωριστή θέση στο μουσείο κατέχουν τα μεγαλοπρεπή τοιχογραφικά σύνολα. Πρόκειται για μια σημαντικότατη συλλογή που περιλαμβάνει όλες τις δημοσιευμένες τοιχογραφίες που προέρχονται από τον Προϊστορικό οικισμό του Ακρωτηρίου. Εκτίθενται για πρώτη φορά στο μουσείο, σ’ ένα χώρο ειδικά διαμορφωμένο για να φιλοξενήσει τα μοναδικά αυτά ευρήματα. Μέχρι πριν λίγο καιρό οι τοιχογραφίες εκτίθενται στο Αρχαιολογικό μουσείο Αθηνών. Τώρα γύρισαν σπίτι τους και κάθε επισκέπτης του νησιού μπορεί τις θαυμάσει.