Η αρχαιολογική έρευνα στο νησί δείχνει ότι η Ανάφη κατοικείται ήδη από τους προϊστορικούς χρόνους.

Σύμφωνα με την ελληνική μυθολογία, η Ανάφη αναδύθηκε μέσα από τη θάλασσα έπειτα από εντολή του Απόλλωνα, προκειμένου να προσφέρει καταφύγιο στον Ιάσονα και τους Αργοναύτες, οι οποίοι κινδύνευαν από μια σφοδρή θαλασσοταραχή.

Στον λόφο του Καλάμου και κοντά στη Μονή της Παναγίας Καλαμιώτισσας σώζονται τα ερείπια αρχαίας πόλης και ναού αφιερωμένου στον Απόλλωνα.

Κατά τον 5ο αιώνα π.Χ. η Ανάφη ήταν σύμμαχος της Αθήνας.

Το 1207 το νησί πέρασε υπό τη domination των Ενετών. Αποτελούσε μέρος του Δουκάτου της Νάξου υπό τον Μάρκο Σανούδο. Εκείνη την εποχή χτίστηκε και το κάστρο της Χώρας, τα ερείπια του οποίου σώζονται μέχρι σήμερα.

Το νησί βρέθηκε πολλές φορές στο στόχαστρο πειρατών και υπέστη σημαντικές καταστροφές και λεηλασίες.

Το 1537 πέρασε υπό τουρκική κυριαρχία. Η Ανάφη συμμετείχε στην Επανάσταση του 1821 και ενώθηκε με το ελληνικό κράτος το 1832.

Κατά τη βασιλεία του Όθωνα, πολλοί κάτοικοι εγκατέλειψαν το νησί. Ήταν φημισμένοι τεχνίτες και οικοδόμοι, και ο Όθωνας τους κάλεσε στην Αθήνα για την κατασκευή των ανακτόρων του.

Εγκαταστάθηκαν στην περιοχή της Πλάκας και δημιούργησαν τη δική τους συνοικία κάτω από την Ακρόπολη, τα περίφημα Αναφιώτικα, μια μικρογραφία του νησιού τους και ένα από τα πιο γραφικά σημεία της Αθήνας.

Η Ανάφη διατηρεί μέχρι σήμερα την αυθεντική ομορφιά της και αποτελεί έναν αγαπημένο καλοκαιρινό προορισμό για όσους αναζητούν ηρεμία και αυθεντική κυκλαδίτικη ατμόσφαιρα.