Η Φολέγανδρος είναι ένα μικρό νησί αλλά με μακρά ιστορία. Τα πρώτα ίχνη κατοίκησης χρονολογούνται από την προϊστορική εποχή. Αυτό επιβεβαιώνεται από τα λείψανα ενός προϊστορικού οικισμού στο βόρειο τμήμα του νησιού.

Ως πρώτοι κάτοικοι θεωρούνται οι Κάρες και αργότερα οι Φοίνικες. Ακολούθησαν Κρητικοί άποικοι, οι οποίοι ήρθαν στο νησί με τον αρχηγό τους Μίνωα Φολέγανδρο. Εκείνος έδωσε το όνομά του στο νησί.

Αργότερα, οι Δωριείς αποτέλεσαν τους επόμενους κατοίκους του νησιού. Κατά τον 5ο αιώνα π.Χ. η Φολέγανδρος βρέθηκε υπό την κυριαρχία των Αθηναίων. Στη ρωμαϊκή εποχή χρησιμοποιήθηκε ως τόπος εξορίας.

Κατά τη βενετική κυριαρχία, η Φολέγανδρος ανήκε στο Δουκάτο της Νάξου και διοικούνταν από τον Μάρκο Σανούδο. Την περίοδο εκείνη χτίστηκε το κάστρο του νησιού, το οποίο αποτελούσε τον μοναδικό οικισμό του, προστατεύοντας τους κατοίκους από τους πειρατές. Το 1617 η Φολέγανδρος καταλήφθηκε από τους Τούρκους.

Για ένα μικρό χρονικό διάστημα, από το 1770 έως το 1774, βρέθηκε υπό ρωσική κυριαρχία. Το 1828 το νησί εντάχθηκε στο νεοσύστατο ελληνικό κράτος.

Τον 19ο αιώνα πολλοί μετανάστες από την Κωνσταντινούπολη και την Αλεξάνδρεια κατέφυγαν στο νησί και συνέβαλαν στην ανάπτυξή του.

Τα τελευταία χρόνια, οι κάτοικοι, αναδεικνύοντας τις φυσικές ομορφιές της Φολεγάνδρου, έχουν μετατρέψει το νησί σε έναν δημοφιλή καλοκαιρινό προορισμό, ιδανικό για όσους αποφεύγουν τα πολυσύχναστα μέρη και αναζητούν την ηρεμία ενός ανεξερεύνητου παραδείσου.