Οι Μικρές Ανατολικές Κυκλάδες στις οποίες ανήκουν τα Κουφονήσια, συνδέονται όλο το χρόνο με το λιμάνι Πειραιά. Το ταξίδι διαρκεί περίπου 8,30 ώρες.
Τα Κουφονήσια μέσο της γραμμής: Μήλος - Φολέγανδρος - Ίος - Θήρα - Κουφονήσι - Αμοργός και της γραμμής Πάρος - Νάξος - Ηρακλειά - Σχοινούσα - Κουφονήσια - Κατάπολα, συνδέονται με τα αντίστοιχα νησιά.
Επίσης, έχουν τακτική τοπική σύνδεση με τη Νάξο.

Περισσότερες πληροφορίες:
ΛΙΜΕΝΑΡΧΕΙΟ ΠΕΙΡΑΙΑ 210 4226000
ΛΙΜΕΝΑΡΧΕΙΟ ΝΑΞΟΥ 22850 22300