ΑΡΧΑΙΟΛΟΓΙΚΟ ΜΟΥΣΕΙΟ
Το Αρχαιολογικό Μουσείο των Χανίων στεγάζεται στον ιερό ναό του Αγίου Φραγκίσκου, ο οποίος ιδρύθηκε τον 14ο αιώνα.
Στο μουσείο φιλοξενούνται σημαντικά ευρήματα από την ύστερη Nεολιθική Εποχή, τα μινωικά χρόνια καθώς και σημαντικά εκθέματα των ιστορικών χρόνων. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν: πήλινες πινακίδες με γραμμική γραφή από τα Χανιά, πρωτοκυκλαδικά αγγεία από σπήλαια του νομού, ψηφιδωτά δάπεδα ρωμαϊκών χρόνων, κ.α.. Ξεχωριστή θέση στο μουσείο κατέχει η συλλογή Μητσοτάκη, που περιλαμβάνει μινωικά αγγεία, πιθάρια και ένα σφραγιδόλιθο με παράσταση Μινώταυρου από τα Χανιά.

ΠΟΛΕΜΙΚΟ ΜΟΥΣΕΙΟ
Το Πολεμικό Μουσείο ιδρύθηκε 1992. Στεγάζεται σε ένα πέτρινο διώροφο οίκημα που κτίστηκε το 1870. Στα εκθέματά του περιλαμβάνονται όπλα και χειρόγραφα των αγωνιστών των κρητικών επαναστάσεων. Επίσης, μπορείτε να δείτε την σημαντική συλλογή από χαρτονομίσματα, γραμματόσημα, παραδοσιακές στολές του νησιού, σημαίες και ιστορικά λάβαρα.

ΒΥΖΑΝΤΙΝΟ ΜΟΥΣΕΙΟ
Το βυζαντινό μουσείο στεγάζεται στο χώρο που υπήρχε το καθολικό της μονής των Φραγκισκανών, San Salvatore, που ιδρύθηκε τον 15ο αιώνα.
Φιλοξενεί ευρήματα βυζαντινών και μεταβυζαντινών χρόνων, που προέρχονται από τις ανασκαφές που έγιναν σε ολόκληρο το νομό Χανίων. Μπορείτε να δείτε γλυπτά, εικόνες, νομίσματα, τοιχογραφίες, ψηφιδωτά και επιτύμβιες επιγραφές.

ΙΣΤΟΡΙΚΟ ΑΡΧΕΙΟ ΚΡΗΤΗΣ
Το Ιστορικό Αρχείο της Κρήτης ιδρύθηκε το 1920 από τον Ν. Παπαδάκη. Περιλαμβάνει μια σπάνια και ιδιαίτερα σημαντική συλλογή από 700.000 περίπου ιστορικά έγγραφα του 19ου και 20ού αιώνα. Πρόκειται για αρχειακό υλικό των κρητικών κυβερνήσεων, τα αρχεία της Μάχης της Κρήτης και της γερμανικής κατοχής. Επίσης, μπορείτε να δείτε το πλήρες αρχείο του κρητικού Τύπου από το 1831 ως τις μέρες μας, ένα πλούσιο φωτογραφικό αρχείο των αρχών του αιώνα και μια βιβλιοθήκη με σπάνιες εκδόσεις από το 1500 ως και σήμερα.
Στον ίδιο χώρο φιλοξενείται και το Λαογραφικό Αρχείο του Π. Βλαστού, που περιλαμβάνει 93 χειρόγραφους τόμους στους οποίους καταγράφεται όλη η λαϊκή παράδοση της Κρήτης.

ΝΑΥΤΙΚΟ ΜΟΥΣΕΙΟ ΚΡΗΤΗΣ
Το Ναυτικό Μουσείο ιδρύθηκε το 1973 και φιλοξενείτε στο ενετικό φρούριο Φιρκά. Σκοπός του είναι να προβάλλει την ελληνική ναυτική παράδοση. Τα εκθέματά του προέρχονται απ’ όλες τις ιστορικές περιόδους και περιλαμβάνουν μακέτες και πίνακες πλοίων κάθε εποχής, μακέτες με αναπαραστάσεις πολεμικών γεγονότων, ναυτικά εργαλεία και φωτογραφίες των αγωνιστών.