Κατά την περιήγησή του κανείς στη Σαντορίνη διαπιστώνει ότι στο νησί υπάρχουν πάρα πολλές εκκλησίες. Και πιο συγκεκριμένα – σύμφωνα με τους ντόπιους – στο νησί θα συναντήσετε 300 περίπου εκκλησίες κτισμένες σε διαφορετικές ιστορικές περιόδους.
Χαρακτηριστικό τους είναι συνδυάζουν τα στοιχεία της κυκλαδίτικης αρχιτεκτονικής με αυτά της δυτικής κουλτούρας. Έτσι, συναντάμε ορθόδοξες και καθολικές εκκλησίες, επιβλητικές, βασιλικού ρυθμού ή σε σχήμα βυζαντινού σταυρού, άλλες μικρές και άλλες μεγαλύτερες.
Οι περισσότερες από αυτές είναι ολόασπρες ή βαμμένες με ώχρα, ενώ οι τρούλοι τους είναι κάτασπροι ή βαμμένοι γαλάζιοι. Πολύ συχνά έχουν δύο καμπαναριά στην πρόσοψή τους, σύμφωνα με το πρότυπο των παλιών καθεδρικών ναών.

ΟΡΘΟΔΟΞΟΣ ΚΑΘΕΔΡΙΚΟΣ ΝΑΟΣ ΜΗΤΡΟΠΟΛΗΣ
Ο Μητροπολιτικός Ναός του νησιού βρίσκεται στα Φηρά και διαθέτει εντυπωσιακή θέα στην καλντέρα και στο ηφαίστειο. Ο ναός της Υπαπαντής της Θεοτόκου ή της Παναγίας του Μπελόνια, κτίστηκε το 1827 και υπέστη σοβαρές ζημιές από τον καταστροφικό σεισμό του 1956. Έχει αναστηλωθεί και έχει ξαναβρεί την παλιά του αίγλη. Τις τοιχογραφίες του ναού έχει επιμεληθεί ο Σαντορινιός ζωγράφος Χριστόφορος Ασιμής.

ΚΑΘΟΛΙΚΟΣ ΚΑΘΕΔΡΙΚΟΣ ΝΑΟΣ
Στο κέντρο των Φηρών βρίσκεται και ο καθολικός Καθεδρικός ναός που είναι αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη των βαπτιστή. Είναι κτισμένος σε στυλ μπαρόκ και ξεχωρίζει από το πολύ κομψό καμπαναριό του. Υπέστη και αυτός σοβαρές ζημιές στον μεγάλο σεισμό του 1956, αλλά αναστηλώθηκε.

ΠΑΝΑΓΙΑ ΕΠΙΣΚΟΠΗ
Βρίσκεται στο χωριό Μέσα Γωνιά και είναι το πιο σημαντικό βυζαντινό μνημείο της Σαντορίνης. Κτίστηκε τον 11ο αιώνα, από των αυτοκράτορα Αλέξιο Α’ Κομνηνό. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει το μαρμάρινο τέμπλο της το οποίο αποτελεί σπάνιο δείγμα πελέκησης μαρμάρου. Οι τοιχογραφίες της εκκλησίας, που σώζονται σε καλή κατάσταση, χρονολογούνται από 1100 μ.Χ. Το 1986 η Β’ Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων επισκεύασε τις προσόψεις και τη στέγη της εκκλησίας. Επίσης, έχουν γίνει προσθήκες, όπως είναι το καμπαναριό και η εξωτερική σκάλα. Η σημερινή μορφή της εκκλησίας δεν έχει καμία σχέση με εκείνη του 11ου αιώνα.

ΙΕΡΑ ΜΟΝΗ ΑΓΙΟΥ ΝΙΚΟΛΑΟΥ
Βρίσκεται ανάμεσα στο Φηροστεφάνι και το Ημεροβίγλι. Η ιδιαιτερότητά του είναι ότι είναι αφιερωμένο σε τρεις Αγίους. Στον Άγιο Παντελεήμονα, στη Ζωοδόχο Πηγή και στον Άγιο Νικόλαο. Είναι περισσότερο γνωστό ως μοναστήρι του Αγίου Νικολάου λόγο της εξαιρετικής βυζαντινής εικόνας του Αγίου, που βρίσκεται στο καθολικό της μονής. Η χρονολογία της ίδρυσής του δεν έχει εξακριβωθεί.

ΙΕΡΑ ΜΟΝΗ ΠΡΟΦΗΤΗ ΗΛΙΑ
Στο χωριό Πύργος και στην κορυφή του βουνό είναι κτισμένο το αντρικό μοναστήρι του Προφήτη Ηλία. Κτίστηκε την περίοδο 1711 – 1724. Αρχικά οι διαστάσεις του ήταν μικρότερες από τις σημερινές, καθώς στα μέσα του 19ου αιώνα έγινε η επέκτασή του. Ξεχωρίζει το ξύλινο, σκαλιστό τέμπλο της εκκλησίας της μονής. Επίσης, στη μονή λειτουργεί εκκλησιαστικό και λαογραφικό μουσείο, όπου ο επισκέπτης έχει την ευκαιρία να δει αξιόλογες εικόνες του 15ου αιώνα και πολλά θρησκευτικά κειμήλια.